南京市中医院建于1956年，是南京市单一的一所市级综合性中医医院，1995年被评为三级甲等中医医院，1996年成为南京中医药大学第三附属医院，承担着南京地区中医医疗、教学、科研任务。全院占地面积20752平方米，建筑面积26047平方米，固定资产2155万元，医疗设备1020万元，万元以上设备110台件，设病床400张，年门诊量40多万人次，年收治住院病人4000余人次。
南京市中医院技术力量雄厚，科室设置安全。全院753名职工中，卫生技术人员557名，高级职称71名，中级职称167名，初级职称319名，全国首批确定的500位名老中医药专家2名，省级名中医7名，省名中西医结合专家4名，市名中医7名。全院有68位专业人员被南京中医药大学兼聘教学职务，教授19名副教授16名，讲师43名，设临床一级科室19个，医技科室5个，其他业务科室12外。医院一贯坚持正确的办院方向，注重开展专科专病建设，医疗特色显著。
南京市中医院开设专病门诊37个，在肛肠疾病、中风、肝炎、盆腔炎、带状疱疹、小儿咳喘、干燥综合症、神经性偏头痛、中心视网膜等疾病治疗方面有独到之处。肛肠科1994年6月通过国家中医药管理局评审验收，成为全国较早中医专科医疗中心。该中心设有3个病区，120张床位，拥有专科手术室及教学科研部，年门珍量近2万人次，年收治病人1600人次，收治专科病种60余种，其技术水平、硬件设备居国内领先地位，在运用中医及中西结合手段对高位复杂性肛、环状混合等及出口梗阻性便秘等病种的治疗方面达到一流水平。骨伤科在疑难杂症的治疗方面取得了不少经验，对老年性骨折的治疗摸索出一整套治疗程序，其独特的专科制剂深受患者欢迎。医院积极推行“科教兴院”的战略方针。
据不完全统计，自1987年以来，医院获市局级以上中标课题33项，获市级以上科研成果16项，部级奖2项，省厅级奖5项，市级奖9项。其中“肛肠科信息资料计算机检索系统”获联合国技术信息促进系统中国分部颁发的“一九九四年联合国发明创新科技之星奖”，“DA-1型X射线骨矿密度分析系统”获国家中医药管理局科技进步二等奖。
南京市中医院作为附属医院及国际针灸培训中心的教学实习基地，每年接收实习、进修人员110余人。十年来，同时为三十二个国家和地区培养外国学员230余人。为进一步加速医院发展，医院制定了“九五”发展计划，其奋斗目标概括为“346666工程”。即在卫生改革方面加强三方面工作；进一步深化三项制度改革；研究和转变为医模式；加速发展卫生产业。
在硬件投入方面完成四件大事：一是建造科研教学楼，门诊楼及医鼓楼等三幢大楼，力争五年内新增医疗用房15000平方米，其中门诊楼：是江苏省中医机构“九五”建设的标志性工程；二是添置更新全身CT、X光机、血透仪等大型设备，力争使设备总值翻番；三是建立微中心、实行医疗、财务、药剂、入事、设备、科研等管理微机化；四是改变院容院貌。在人才培养方面，重点培养预备名中医队伍、年轻名中医队伍、中西结合名医预备队伍、年轻学科带头人队伍、专科专病人才队伍以及科学研究人才队伍等六支人才队伍。在专科专病建设方面，要提高和建成肛肠科、骨伤科、眼科、针灸科、心脑科、呼吸科等六个重点专科，发展和新发展62个专病。在科研工作方面，要实施62项科研课题。
南京市中医院上下决心通过五年的奋斗，使医院在全省中医系统中名列前茅，并为下一世纪成为全国一流中医打好基础。南京市中医院位于风景秀丽的秦淮河畔，毗邻热闹繁华的夫子庙风景区，院内古朴典雅的楼群建筑，与秦淮风光带的明清风貌浑然一体，景色怡人，交通便利。全院职工将以饱满的热情、精湛的技术、周到的服务竭诚地为海内外患者服务。